O CENTRO UNIVERSITÁRIO ANTÔNIO EUFRÁSIO DE TOLEDO DE PRESIDENTE PRUDENTE, estrutura-se da seguinte maneira: órgãos da administração superior; órgãos da administração básica, órgãos suplementares e órgãos de apoio acadêmico.

a) Administração superior:

I - Conselho Superior Administrativo e Acadêmico - CSAA;

II - Reitoria;

III - Pró-Reitorias: Pró-Reitoria Acadêmica e Pró-Reitoria Administrativa

b) Administração básica:

I - Colegiado de Curso;

II - Coordenação de Área;

III - Núcleo Docente Estruturante.

c) Órgãos suplementares:

I - Coordenadoria Acadêmica;

II - Coordenadoria de Pesquisa e Extensão;

III - Coordenadoria de Regulação e Avaliação;

IV - Coordenadoria de Educação Continuada.

d) Órgãos de apoio acadêmico:

I - Toledo Carreiras;

II - Coordenadoria de Mobilidade e Competições.